Dr. Mateja Ratej se je rodila 18. novembra 1974 v Mariboru.
Po končani osnovni šoli v Slovenski Bistrici je nadaljevala šolanje na III. gimnaziji v Mariboru. Nato se je vpisala na študij zgodovine−sociologije na Pedagoški fakulteti Univerze v Mariboru in leta 1999 diplomirala. Na isti univerzi je leta 2002 uspešno zagovarjala magisterij iz zgodovine, leta 2004 pa tudi doktorsko disertacijo.
V letih 1999−2000 je bila zaposlena kot arhivistka v Pokrajinskem arhivu Maribor, nato pa je kot mlada raziskovalka od leta 2000−04 delala na oddelku za zgodovino Pedagoške fakultete Maribor. Med leti 2004−06 je bila tudi sodelavka študentskega radia Marš.
Leta 2005 se je kot znanstvena sodelavka zaposlila na Znanstvenoraziskovalnem centru Slovenske akademije znanosti in umetnosti (ZRC SAZU), v raziskovalni skupini Inštitut za kulturno zgodovino.
V okviru koncepta historične antropologije se posveča proučevanju mentalitet v času med svetovnima vojnama, ki spričo dveh korenitih družbenih zlomov prepričljivo razgalja družbeno tkivo. Hkrati s tem v mikro- in kulturnozgodovinskih študijah raziskuje biografije preteklih bolj ali manj anonimnih posameznikov, ki so v zgodovinskih obravnavah praviloma slikani kot nerazpoznavna gmota podrejenih, a vendar je šele skozi njihova življenja mogoče uzreti dovolj prepričljiv približek dobe. S proučevanjem kazenskih spisov, ki omogočajo zelo podrobno obravnavo na videz nepomembnih dogodkov, skuša skozi anomalije konkretnih posameznikov razbirati spremenjene družbene, socialne, politične idr. hierarhije, s tem pa tudi obrise predstavnih svetov in prevladujočih miselnih sistemov.
Je urednica Biografskih študij (zbirka Življenja in dela), ki jih izdaja Inštitut za kulturno zgodovino (IKZ) ZRC SAZU, in področna urednica pri Novem Slovenskem biografskem leksikonu. Je namestnica predstojnika IKZ ZRC SAZU in članica Založniškega sveta Založbe ZRC.