Janko Pajk se je rodil leta 1837 v Kaplji vasi pri Št. Pavlu pri Preboldu.
Osnovno šolo je obiskoval na Spodnji Polskavi in odšel nato leta 1849 v Maribor, kjer je leta 1858 z odliko končal gimnazijo. Po končani gimnaziji je odšel na Dunaj (Avstrija) študirat klasično filologijo.
Po končanem študiju je bil najprej profesor slovenščine na gimnaziji v Gorici, temu sta sledili dve leti v Kranju, dokler ni bil leta 1867 imenovan za profesorja na mariborski gimnaziji. Ker je leta 1870 podpisal spomenico za samostojno slovensko nižjo klasično gimnazijo v Mariboru, so ga premestili v Novo mesto.
Leta 1872 je prevzel vodenje tiskarne v Mariboru, ki jo pozneje odkupil. Postal je tudi urednik in lastnik literarno-znanstvene revije ‘Zora’.
Od leta 1879 je živel v tujini, v Brnu (Češka) in na Dunaju, kjer je leta 1887 doktoriral iz filozofije.
S politiko se je začel ukvarjati že v Kranju. Njegovi prvi spisi so bili pretežno strokovni, v politiki pa je najprej načel jezikovno vprašanje. V Odprtem pismu se je zavzel za južnoslovansko jezikovno ideologijo. Bil je mnenja, da slovenski jezik ni zrel za filozofsko izražanje. Po njegovem predlogu naj bi ga nadomestila srbohrvaščina. Kasneje je − ker je Fran Levstik to idejo odklonil − Pajk spremenil svoje stališče v prid slovenskih kulturnih in jezikovnih pravic.
Janko Pajk je umrl leta 1899 v Ljubljani.