OŠ je Pajk obiskoval na Spodnji Polskavi in odšel leta 1849 v Maribor, kjer je leta 1858 z odliko končal gimnazijo. Po končani gimnaziji je na Dunaju (Avstrija) študiral klasično filologijo. Po končanem študiju je bil najprej profesor slovenščine na gimnaziji v Gorici in nato dve leti v Kranju, leta 1867 pa je bil imenovan za profesorja na mariborski gimnaziji. Ker je leta 1870 podpisal spomenico za samostojno slovensko nižjo klasično gimnazijo v Mariboru, so ga kazensko premestili v Novo mesto. Leta 1872 je prevzel vodenje tiskarne v Mariboru, ki jo je pozneje odkupil. Postal je tudi urednik in lastnik literarno-znanstvene revije Zora. Od leta 1879 je živel v tujini, v Brnu (Češka) in na Dunaju (Avstrija), kjer je leta 1887 doktoriral iz filozofije. S politiko se je začel ukvarjati že v Kranju. Njegovi prvi spisi so bili pretežno strokovni, v politiki pa je najprej načel jezikovno vprašanje. V Odprtem pismu se je zavzel za južnoslovansko jezikovno ideologijo. Bil je mnenja, da slovenski jezik ni zrel za filozofsko izražanje. Po njegovem predlogu naj bi ga nadomestila srbohrvaščina. Kasneje je, ker je Fran Levstik to idejo odklonil, Pajk spremenil svoje stališče v prid slovenske kulture in jezikovnih pravic.