Gregor Zafošnik se je rodil 30. avgusta 1902 v Spodnji Novi vasi pri Slovenski Bistrici kmetu Pavlu in materi Antoniji, rojeni Venguš.
Po slovenjebistriški ljudski šoli je med leti 1914−22 obiskoval klasično gimnazijo v Mariboru in študiral teologijo od leta 1922−26. 27. junija 1926 je bil v Mariboru posvečen za duhovnika in v letih 1931−36 nadaljeval študij cerkvene glasbe na Akademiji za glasbo na Dunaju (Avstrija). Po diplomi je bil med leti 1936−41 profesor verouka na srednjih šolah v Mariboru in predavatelj v bogoslovnem semenišču.
Med 2. svetovno vojno je bil od leta 1941−45 v Beogradu (Srbija) organist v cerkvi in profesor verouka na šestih gimnazijah.
Po vojni je bil med leti 1945−49 v Mariboru ponovno profesor verouka, nato do upokojitve leta 1979 ravnatelj stolnega kora, organist in sodelavec škofijske pisarne. Od leta 1968, ko je bil ustanovljen mariborski oddelek Teološke fakultete, je tam honorarno predaval cerkveno glasbo. Organiziral je vsakoletne tečaje za organiste mariborske škofije in bil glavni predavatelj.
Za bogoslužne potrebe in praznike je napisal veliko glasbe.
Gregor Zafošnik je umrl 2. julija 1994 v Mariboru in je pokopan v Slovenski Bistrici.